在苏州注册的两个公司，如果它们之间存在真实的业务往来，是可以相互开票的。以下是对此问题的详细分析：

一、开票的前提

根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，发票的开具应当基于真实的交易和业务往来。因此，两个公司之间互相开票的前提是它们之间存在真实的业务关系，并且交易是合法、合规的。如果双方没有实际业务往来而开具发票，则可能构成虚开发票的行为，这是违法的。

二、开票的要求

1. 业务真实性：两个公司之间的交易必须是真实存在的，不能虚构或伪造。交易的内容、数量、价格等都必须与实际相符。

2. 价格公允性：交易价格应该符合市场价格，不存在明显的价格偏差。如果价格过高或过低，都可能引起税务机关的注意，进而引发税务风险。

3. 业务合法性：交易业务必须合法，不能违反国家法律法规。例如，不能从事非法经营、偷税漏税等行为。

三、开票的注意事项

1. 发票内容需与真实业务一致：开具的发票内容必须真实反映交易的内容，如商品名称、数量、单价等。任何与实际业务不符的发票都可能被视为虚开发票。

2. 遵守税收法规：在开具发票时，必须遵守相关的税收法规，如增值税法等。确保发票的开具、取得、保管、使用等各个环节都符合规定。

3. 妥善保存相关凭证：为了证明交易的真实性，两个公司都应妥善保存与交易相关的凭证，如合同、发货单、收货确认等。这些凭证在税务审计或检查时可能起到关键作用。

四、特殊情况的处理

1. 同一法人的两个企业：如果两个公司是由同一个法人控制的，且它们之间存在真实的业务往来，那么它们之间也是可以相互开票的。但同样需要遵守上述的开票要求和注意事项。

2. 关联交易：即使是同一法人名下的两家公司，也应该尽量避免过多的关联交易，以减少潜在的税务风险。如果确实存在关联交易，那么需要在合法合规的前提下进行，并确保交易的公允性和透明度。

综上所述，苏州注册的两个公司如果存在真实的业务往来，并且遵守了相关的发票管理法规，那么它们之间是可以相互开票的。但在实际操作中，建议咨询专业律师或税务机构以获取更具体的指导和建议。

苏州公司注册,苏州个体户注册,苏州工商注册